Czarny Dunajec płynie od Tatr Zachodnich, zataczając szeroki łuk wokół Pogórza Gubałowskiego i przez Kotlinę Orawsko-Nowotarską dociera do Nowego targu. Gdzie łączy się z płynącym bezpośrednio z południa Białym Dunajcem. W górnym biegu, do miejscowości Czarny Dunajec ma charakter rzeki górskiej o szybkim nurcie, zwalnia na obszarze Kotliny.